Misija Udruženja pedijatara u BiH je da kontinuirano ukazuje i upozorava ljudsko društvo na probleme rasta, razvoja, zdravstvene probleme, patnju djece i mladih, te da im pruža organiziranu profesionalnu pomoć sredstvima najprilagođenijim njihovim potrebama, bez obzira na rasnu, nacionalnu, spolnu, socijalnu ili bilo koju drugu pripadnost, te da stalno surađuje sa stručnim udruženjima koja se bave prevencijom, zaštitom zdravlja i liječenjem te socijalnomedicinskom potporom djece oboljele od kroničnih degenerativnih, malignih i nasljednih bolesti koje ugrožavaju rast i razvoj djeteta.